《潛艇總動員2》是一部國內頂級動漫公司環球數碼出品的最新科幻探險動畫片，故事講述了阿力和貝貝這對潛艇小搭檔通過學習與幫助，經曆了種種訓練和磨砺之後，成長爲更加富有經驗的科研潛艇的故事。片采用由環球數碼自行研發的立體成像技術及編碼，使影片達到立體互動的全新視覺體驗，將推動中國三維立體技術的發展。
阿力和貝貝都是優秀的科研小潛艇，他們是一對非常好的拍檔，在《潛艇總動員》中，他們共同完成了很多次的訓練和任務，這一次，兩個小家夥將面臨什麽樣的神秘而有趣的挑戰呢？
著名的海洋研究學家及水下考古考古學家蘇紅博士擁有四枚加勒比海盜藏在深海中的上古勳章的仿制品，四枚勳章分別代表了智慧、勇氣、友誼和正義。這一天，蘇紅博士召集阿力和貝貝，交代他們如果能夠完成一項任務將會獲贈一枚勳章，如果能夠收集齊四枚勳章，小家夥們將獲邀去泉州參加海洋博物館的開幕儀式，並將獲得博士贈送的神秘獎勵，這讓小潛艇們激動不已，躍躍欲試...
