二戰期間，日軍未敢染指澳門。秘密的日葡協定使澳門在太平洋戰場上成為一塊難得的“飛地”，同時淪為情報彙集之地，間諜鏖兵之所。本劇所營造的澳門正是諜戰波詭雲譎的“東方卡薩布蘭卡”，以中共建立秘密運輸通道為主線，層層展示國共日、葡、美等各方盤錯交織的諜戰網路，走進一個沒有硝煙的戰場，揭示一段塵封已久的“檔案”。
抗戰爆發後，曾領導過廣州起義的中國著名將領方天庭將軍從海外歸來途經香港，準備回國參加抗日。澳門商會會長的公子、留學海外一腔熱血報效祖國的江浩也一同前往。在日本眼裏，中國只有一個軍人，那就是方天庭。他們唯恐方天庭將軍安全回到內地指揮中國軍隊與其對抗，於是派出日本“特高課“的殺手企圖將方將軍殺死在香港。危機中，江浩將方將軍護送到了日本軍隊無法進駐的澳門，然後再經那裏奔赴抗日前線。於是日本又派女間諜神尾悅子進駐澳門，企圖將方天庭將軍殺死在澳門，而國民黨特工得到的指示是“如果不能說服方將軍去重慶，那麼就把他殺死在澳門，絕不能讓共產黨得到他！”於是一場鬥智鬥勇、驚心動魄的較量在澳門這塊“飛地”展開了。幾經周折，死裏逃生，江浩與我澳門秘密情報人員終於安全地將方將軍護送回國。
這時，我中共情報機構與國民黨情報機關幾乎同時掌握了一個重要情報，即日本政府與中立國葡萄牙政府簽署了一個決定澳門命運的秘密協定，該協定代號為“菊花檔案”。為利用澳門這塊具有特殊意義的地區開展對敵鬥爭，無論是中共“特科”，還是國民黨情報機關，都想得到“菊花檔案”的副本。為此，中共又聯手江浩，與江浩的戀人、潛伏於國民黨特工組織的中共間諜林娜等人打入澳門上流社會，國民黨情報機關也派出自己最優秀的諜報員石磊到澳門，而他們的對手還是日本間諜神尾悅子。幾經生死，江浩等人又搶在石磊之前潛入澳督府拍下了“菊花檔案”的膠片，並發現了一個驚天機密-----由於日本有10萬僑民居住在南美的(葡屬)巴西，日本政府擔心自己的僑民受到葡萄牙政府的迫害，於是同葡萄牙政府簽屬了一個秘密協議----戰爭爆發後，日本即使佔領了整個亞洲，也絕不派一兵一卒進駐(葡屬)中國澳門，否則葡萄牙政府將把居住在巴西的10萬日本僑民全部關進集中營。也就是說，澳門將成為戰爭時期亞洲唯一的一塊不可能被日本帝國主義佔領的淨土。中共“特科”掌握了“菊花檔案”的秘密後，便利用澳門這塊具有特殊意義的地區開展了一系列愛國抗日活動：香港淪陷，日軍大肆搜捕此前從上海轉移到香港的數百名中國文化藝術界的名人與社會名流。大敵當前，江浩又不顧個人安危，隻身前往香港擔負起營救“香港800名人志士”的任務，這時離開了澳門的日本間諜，為報在澳門被江家勢力所牽制之仇，開始在香港大開殺戒，要將江浩殺死在香港。江浩在中共黨組織的鼎力協助下，從水路將其中的一部份文化名人幾經周折、歷經風險、化險為吏，最後安全送到了澳門，使包括眾多名人志士免遭日軍的屠殺。
此後，江浩又利用自己澳門商會會長兒子和澳督好朋友的特殊身份，一邊與日本特工周旋，一邊又將“澳門王”元深及澳門中華商會的愛國人士蘇子玉等團結在自己身邊，使風雨飄搖中的澳門度過一個又一個難關，這其中包括“關閘事件”、“澳門幣危機”等等，為60年後的澳門回歸祖國奠定了基礎。可以肯定地說，如果沒有當年江浩、林娜以及蘇子玉、元深等人的努力，澳門的現代史將是另一個樣子。
