在茫茫宇宙的某個世界“魔法仙境”裏，善良和邪惡勢力進行鬥爭，在這個奇幻世界中，存在仙靈（winx）、女巫（witch）、小精靈（pixie）、壹般人類以及許多其它各式各樣的種族或專業。在第壹季到第三季中，身為故事主線角色的仙子們平時住在艾菲城學院內相處、學習，處理戀愛上的問題，還要在各種邪惡勢力造成威脅的時候挺身奮戰。到了第四季已經畢業，因任務前往地球，除了開壹間寵物店，仍然要。
第壹季 (共26集)
住在地球花園市的壹個平凡女孩“蕾兒”，在因緣之下認識了壹位仙子絲黛娜之後，進入魔法仙境的艾菲城學院就讀，在那裏結交了幾位仙子朋友，並共同成立了“神奇仙子”。壹開始來自黑雲塔學院的三妖後原本主要找神奇仙子麻煩，紅山泉學院的男角色也相繼出現。蕾兒逐漸發現自己的身世，並得知自己是神龍聖火的守護天女。
三妖後自從被逐出黑雲塔學院以後找到機會對蕾兒下手，奪走神龍聖火之力，召喚魔物大軍席卷整個魔法仙境。蕾兒恢復法力，和神奇仙子同伴們阻止三妖後，最終擊敗三妖後奪回神龍聖火化解危機。
第二季(共26集)
某日，仙子萊拉從達卡魔王手中逃脫，昏迷在樹林邊被蕾兒的神奇仙子所救，之後加入神奇仙子並跟著就讀艾菲城學院。而三妖後被安置在光聖修道院進行感化教育。
達卡魔王入侵光聖修道院帶走三妖後並收編，命她們為自己尋找秘笈，好解放自己的力量。隨著四部秘笈集齊，達卡魔王成功設計虜獲蕾兒並將她轉變為黑暗蕾兒，欲藉神龍聖火之力啟動秘笈力量，三妖後則以失去利用價值被囚禁。蕾兒最後在藍天呼喚下清醒，神奇仙子在啟動魔法仙咒（Charmix）的情況下完成聚合力魔法擊敗達卡魔王。艾菲城學院、紅山泉學院和黑雲塔學院的聯盟再次成功，大家回到艾菲城學院慶祝。另壹方面，三妖後也逃脫達卡魔王的囚禁。
