恐怖分子在一間教堂裏散播病毒，導致俄羅斯東部一座城市完全消失。同樣的噩運即將降臨日本，日本警視廳嚴陣以待，並請18歲的天才黑客高木藤丸（三浦春馬 Haruma Miura 飾）協助參與其中。藤丸的父親也是警察，原本負責這起案件，後因卷入誤殺事件而被通緝。恐怖組織的折原麻彌（吉瀨美智子 Michiko Kichise 飾）以生物老師的身份進入到藤丸所在的高中，並監視著藤丸。為了保護妹妹小遙生命安全，藤丸不得已答應了恐怖組織的要求盜取發電廠管理員密碼給對方。在百貨公司裏，致命的bloody—x病毒懷疑被小醜散播，警視廳出動所有人力，為求保住東京市，差點讓所有人命喪當地。幸好藤丸及時發現病毒是假的，虛驚一場。但當所有人都暫時放下心來時，恐怖組織已經開始踏出真正的第一步。
Bloody Monday，是所有死去的人最後說出的話，也是最大的秘密與陰謀。
